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郑桐森一直致力于消化系统肿瘤的临床、教学及科研工作,主要从事肝癌、胆管癌及结直肠癌等的化疗、分子靶向治疗、免疫治疗及微创治疗等,医疗技术精湛、作风扎实。在消化系统肿瘤的发病机制、新型治疗及耐药逆转方面做了大量工作,率先开辟了新型STING异构体与免疫调控、IL-17A与微卫星稳定型(MSS)肠癌免疫治疗抵抗、针灸(电针)增敏抗肿瘤免疫治疗、Gankyrin与炎症、缺氧与肝癌索拉菲尼耐药等研究方向,探索出了以临床问题为导向,以转化研究为目标的一体化研究体系。